Debido a que esta cueva es un patrimonio natural, lo que más llama la atención de las personas que van a visitar es la fauna y la flora.
Algunas especies que han abandonado las zonas llanas han hecho de este parque su hogar, como el jaguar, el puma y el cachicamo. Entre los mamíferos se cuentan el mono araguato, el mono capuchino, el venado matacán, el venado caramerudo, la lapa, el báquiro careto, el zorro guache y el tapir, entre otros.
Entre las aves domina el guácharo, ave por la cual el parque lleva su nombre, pero hay también una gran variedad de pájaros vistosos como el paují de copete, la guacharaca, la pava uguira, la paloma morada, el pico de frasco de esmeralda, el turpial y especies endémicas como el fafao gargantiblanco, la diglossa negra y el ala de sable gri tapir, entre otros.
Esta reserva natural guarda las últimas extensiones de selva andina virgen. En su interior se identifican cuatro biomas condicionados por la altura sobre el nivel del mar. Se encuentran especies como robles, laureles, el nogal, la quina y el canelo.
Al mismo tiempo prepondera una variada y rica vegetación, esto se debe a que tiene una temperatura media de 21o C y también a que es una zona montañosa de lluvias frecuentes, donde la altura de la mismas alcanzan un máximo de 2000 metros.
En la parte baja predomina el bosque húmedo premontano. Las especies más comunes aquí son el laurel, el guayabito, el bucare, el matapalo y el candil.
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